Für die Bewirtschaftung der Stauhaltungen wird ein Ausschuss eingesetzt, in den das Land Baden-Württemberg und die Kantone Zürich und Schaffhausen je einen Vertreter abordnen. Der Ausschuss gibt sich eine Geschäftsordnung, die der Genehmigung der Bevollmächtigten bedarf.
Dem Ausschuss obliegt es, insbesondere folgendes zu veranlassen:
Umschreibung der erlaubten Fanggeräte (Artikel 2 und 3, Abs. 2);
Beschränkung des Fischfanges (Artikel 8);
Ausscheidung von Schongebieten (Artikel 9, Abs. 2);
Erteilung der Bewilligung für den Einsatz fremder Fischarten (Artikel 10, Abs. 2);
Durchführung von Bewirtschaftungsmassnahmen gemäss Artikel 11;
Organisation der Fischereistatistik (Artikel 12);
Organisation des Aufsichtsdienstes (Artikel 15);
Rechnungsführung und Verteilung der Kosten gemeinsamer Bewirtschaftungsmassnahmen.
Die Beschlüsse des Bewirtschaftungsausschusses bedürfen der Einstimmigkeit.
Die Uferstaaten werden die Beschlüsse des Bewirtschaftungsausschusses, soweit erforderlich, rasch vollziehen.
Der Bewirtschaftungsausschuss soll bei allen übrigen Massnahmen zur Wahrung der Interessen der Fischerei, wie Reinhaltung der Gewässer, Auflagen und Bedingungen für den Bau und Betrieb von Wasserkraftanlagen, beratend mitwirken.
Der Bewirtschaftungsausschuss lädt die Bevollmächtigten zu allen Sitzungen ein und erstattet ihnen jährlich Bericht über seine Tätigkeit.