Das SEM ist bei internationalen Rückführungseinsätzen für die operative Zusammenarbeit mit der Agentur verantwortlich. Es konsultiert und informiert dabei das Bundesamt für Zoll und Grenzsicherheit (BAZG) und nimmt insbesondere die folgenden Aufgaben wahr:
Es ist die nationale Koordinationsstelle für die Teilnahme der Schweiz an internationalen Rückführungseinsätzen.
Es ist zuständig für die Umsetzung von Beschlüssen des Verwaltungsrates oder der Exekutivdirektorin oder des Exekutivdirektors der Agentur bezüglich Rückkehr.
Das SEM kann mit der Agentur Finanzhilfevereinbarungen von beschränkter Tragweite oder andere Vereinbarungen von beschränkter Tragweite abschliessen im Hinblick auf:
die Entsendung von schweizerischem Personal, namentlich Rückkehrspezialistinnen und ‑spezialisten, Rückkehrbeobachterinnen und ‑beobachtern und polizeilichen Begleitpersonen;
die Durchführung von internationalen Flügen in die Heimat- oder Herkunftsstaaten.