Die Gebühren, die nach dem IGEG sowie nach dem Urheberrechtsgesetz vom 9. Oktober 19923 (URG), dem Topographiengesetz vom 9. Oktober 19924 (ToG), dem Markenschutzgesetz vom 28. August 19925 (MSchG), dem Designgesetz vom 5. Oktober 20016 (DesG), dem Patentgesetz vom 25. Juni 19547 (PatG), dem Patentanwaltsgesetz vom 20. März 20098 (PAG) und aufgrund der zugehörigen Verordnungen zu zahlen sind, sind im Anhang festgelegt.
Für die Behandlung besonderer Anträge und für Dienstleistungen kann das IGE eine Gebühr verlangen. Massgebend sind der Zeitaufwand und die Auslagen. Der Stundenansatz ist im Anhang Ziffer 7 festgelegt.
Der Institutsrat kann die Gebührenansätze jeweils auf den Anfang eines Geschäftsjahres des IGE an die Erhöhung des Landesindexes der Konsumentenpreise anpassen, sofern die Erhöhung seit dem 1. Januar 2017 oder seit der letzten Anpassung 5 Prozent oder mehr beträgt.