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Die Wettbewerbskommission ist von den Verwaltungsbehörden unabhängig. Sie kann sich in Kammern mit selbständiger Entscheidungsbefugnis gliedern. Sie kann ein Mitglied des Präsidiums im Einzelfall ermächtigen, dringliche Fälle oder Fälle untergeordneter Bedeutung direkt zu erledigen.
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Die Wettbewerbskommission ist administrativ dem Eidgenössischen Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF)26 zugeordnet.