Das FAI bearbeitet alle flugmedizinischen und flugpsychologischen Fragestellungen sowohl wissenschaftlich als auch in der Praxis.
Es wirkt bei der Verbesserung der Flugsicherheit, bei der Flugunfallprävention und bei der Untersuchung von militärischen Flugunfällen mit.
Es ist zuständig für die medizinisch-technischen Belange der Schutz- und Rettungsausrüstung für Angehörige des fliegenden Personals der Armee.
Es unterhält mit den entsprechenden Gremien, Hochschulen und Institutionen des In- und Auslands den fachlichen Kontakt.