Die Weisungen des Departements zur Projektaufsicht, Projektsteuerung und Berichterstattung beinhalten insbesondere Vorgaben:
zur einheitlichen und transparenten Strukturierung des NEAT-Projekts;
zur Struktur und Führung der Rechnung;
zur Form, zum Inhalt und zur Periodizität der Berichterstattung.
Das Bundesamt ist nach Absprache mit dem Departement befugt, bei den Projekten nach Artikel 1 Absatz 1 Buchstaben d und e die Anforderungen der Weisungen in begründeten Einzelfällen in angemessener Weise zu reduzieren.