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Das SVSAA immatrikuliert die Verwaltungsschiffe und stattet sie mit einem eidgenössischen Schiffsausweis und bundeseigenen Kennzeichen aus. Über eine ausnahmsweise kantonale Immatrikulation entscheidet das zuständige Departement im Einvernehmen mit dem SVSAA.
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In besonderen Fällen kann das SVSAA die Verwendung militärischer Kennzeichen bewilligen.
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Bei Verwaltungsschiffen kann von zivilen Abgasvorschriften abgewichen werden, wenn es der Einsatz auf den Grenzgewässern erfordert.9