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Der Vorsitz des Koordinationsorgans zur Förderung der fachlichen Zusammenarbeit im Bereich der Bekämpfung übertragbarer Krankheiten des Menschen (Koordinationsorgan Epidemiengesetz) wird vom BAG ausgeübt. Das Sekretariat wird vom BAG geführt.
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Das Koordinationsorgan Epidemiengesetz gibt sich ein Organisationsreglement.