Das WBF erlässt Bestimmungen für Wohnbaugenossenschaften, die gestützt auf den Bundesbeschluss vom 7. Oktober 194720 über Wohnungsfürsorge für Bundespersonal Darlehen erhalten haben. Dabei regelt es insbesondere die Mietzinsgestaltung sowie die Überprüfung der Mietzinse.
Zur Sicherung der Zweckerhaltung werden im Grundbuch auf den geförderten Wohnungen ein Zweckentfremdungsverbot und eine Veräusserungsbeschränkung als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen angemerkt.
Bei der Auflösung einer Wohnbaugenossenschaft oder beim Verkauf einer geförderten Wohnung muss der Liquidationserlös beziehungsweise der resultierende Gewinn dem Bund abgeliefert werden.
Das Bundesamt regelt in einem Vertrag mit der Pensionskasse des Bundes (PUBLICA) die Verwaltung der Hypothekardarlehen, die den Wohnbaugenossenschaften des Bundes aus Mitteln der Eidgenössischen Versicherungskasse (EVK) beziehungsweise der PUBLICA gewährt wurden.