Zusätzlich zu den Grundkontrollen werden risikobasierte Kontrollen durchgeführt. Sie werden aufgrund der folgenden Kriterien festgelegt:
Mängel bei früheren Kontrollen;
begründeter Verdacht auf Nichteinhaltung von Vorschriften;
wesentliche Änderungen auf dem Betrieb;
jährlich festgelegte Bereiche mit höheren Risiken für Mängel.
Risikobasierte Kontrollen können mit verschiedenen Kontrollmethoden vorgenommen werden, sofern die Verordnungen nach Artikel 1 Absatz 2 keine abweichenden Bestimmungen enthalten.