Kantonale Kontrollämter sind solche, die durch einen Kanton oder durch die von diesem hierzu ermächtigten Gemeinden oder Wirtschaftsverbände errichtet werden. Ermächtigt der Kanton eine Gemeinde oder einen Wirtschaftsverband zur Errichtung eines Kontrollamtes, so hat er die Pflicht zur Überwachung der allgemeinen Geschäftsführung. Für die Überwachung der technischen Tätigkeit des Kontrollamtes und für die Erteilung technischer Weisungen betreffend die Ausführung des Gesetzes und seiner Verordnungen ist nur das Zentralamt zuständig.
Vor Errichtung eines Kontrollamtes ist durch die Vermittlung der Kantonsregierung dem Eidgenössischen Finanzdepartement der Entwurf des Organisationsstatuts des Amtes vorzulegen. Wird das Kontrollamt nicht durch den Kanton selbst errichtet, so ist über die Beschaffung der erforderlichen Betriebsmittel Aufschluss zu geben. Für jedes Kontrollamt bestellt der Kanton eine Aufsichtskommission. In jeder Aufsichtskommission ist ein Sitz einem Vertreter des Zentralamtes einzuräumen.
Das Kontrollamt darf seinen Betrieb erst aufnehmen, wenn seine Errichtung vom Eidgenössischen Finanzdepartement genehmigt ist.
Die Kosten der Errichtung und des Betriebes kantonaler Kontrollämter trägt der errichtende Kanton, die Gemeinde oder die Verbände. Für einen allfälligen Betriebskostenausfall haftet, wenn die Gemeinde oder die Verbände, die das Kontrollamt errichtet haben, dafür nicht aufzukommen vermögen, der Kanton.