Bei Zahlung mittels einer vom IGE zugelassenen Zahlungsart auf der Grundlage einer Belastungsermächtigung wie mittels Kreditkarte oder Lastschrift gilt als Zahlungseingang der Eingang der auf die konkrete Gebühr bezogenen Belastungsermächtigung beim IGE. Betrifft die Ermächtigung eine Gebühr, die das IGE noch nicht in Rechnung gestellt hat, so gilt als Zahlungseingang der Tag der Rechnungsstellung.
Die Zahlung ist nur gültig, wenn der Betrag, gegebenenfalls abzüglich der vom Finanzdienstleister erhobenen Kommission, einem Konto des IGE gutgeschrieben wird.
Wird das IGE nach einer Beanstandung der einzahlenden Person verpflichtet, die Gebühr ganz oder teilweise dem Finanzdienstleister zurückzuerstatten, so gilt die Zahlung als nicht ausgeführt. Räumt das IGE der zahlungspflichtigen Person eine weitere Frist zur Zahlung der Gebühr ein, so kann es eine besondere Bearbeitungsgebühr verlangen; diese beträgt 10 Prozent des geschuldeten Betrags, mindestens aber 50 Franken.
Das IGE kann verlangen, dass Belastungsermächtigungen elektronisch einzureichen sind. Es veröffentlicht die technischen Einzelheiten in geeigneter Weise.