Les affaires stratégiques sont en général agendées une première fois pour être discutées. Les décisions sont prises lors d’une des séances suivantes.
Pour chaque affaire parvenue au stade de la décision, les décisions sont prises sur la base d’une proposition motivée par écrit et d’un projet écrit de dispositif de décision. Le dispositif de décision contient également des informations sur l’exécution.
Le Conseil des EPF prend ses décisions à la majorité simple des voix exprimées. En cas de parité, la voix du président est déterminante.