Le SEFRI consulte les services fédéraux représentés dans le comité interdépartemental de coordination pour la recherche de l’administration quant à la pertinence et l’urgence des programmes pour les tâches de la Confédération. Il peut en outre demander l’avis du Conseil suisse de la science (CSS).
Il remet périodiquement des propositions de nouveaux programmes au DEFR.
Le DEFR propose la réalisation de PNR au Conseil fédéral. Il tient compte de l’enveloppe financière prévue dans le message FRI et fixée dans la convention de prestations avec le FNS pour chaque période de financement concernée.