Le secrétariat exerce ses activités sur instructions du président de la commission; sur le plan administratif, il est subordonné à l’Office fédéral de la santé publique.
Il seconde la commission dans ses activités, assure les contacts avec d’autres offices et avec des organisations suisses et étrangères et fait fonction de service de presse et d’information.
Il accomplit les tâches administratives et apporte son soutien à la commission, en particulier pour l’organisation de manifestations publiques et l’information du public.