La MEBEKO, les sections et les sous-commissions peuvent valablement prendre des décisions lorsque la moitié au moins des membres de ces instances sont présents.
Elles prennent leurs décisions à la majorité simple des membres présents. En cas d’égalité des voix en séance plénière, celle du président est prépondérante; lors des séances des sections, c’est la voix du dirigeant de la section qui est prépondérante; lors des séances des sous-commissions, c’est la voix du dirigeant de la sous-commission qui est prépondérante.
L’assemblée plénière, les sections et les sous-commissions peuvent prendre des décisions par voie de circulation. Dans ce cas, un membre peut demander au président une délibération au cours d’une séance de la MEBEKO ou de l’une des deux sections.