Selon son importance, une affaire relève du Conseil fédéral, d’un chef de département ou d’un directeur de groupement ou d’office.
Le Conseil fédéral règle par voie d’ordonnance l’attribution du pouvoir de décision aux unités administratives dans des affaires particulières ou des domaines déterminés.
Si, dans un cas particulier, il y a conflit de compétences entre les départements, le président de la Confédération tranche.
Les unités administratives supérieures et le Conseil fédéral peuvent en tout temps prendre la responsabilité d’un dossier pour décision.
Les dispositions impératives de la législation en matière d’organisation judiciaire concernant l’attribution de compétences sont réservées. Si le recours est irrecevable devant le Conseil fédéral, celui-ci peut donner des directives à l’autorité compétente de l’administration fédérale sur la manière d’interpréter la loi.
Lorsqu’il s’agit de décisions qui peuvent faire l’objet d’un recours devant le Tribunal administratif fédéral, le dossier du Conseil fédéral est confié d’office au département compétent à raison de la matière. Le recours contre les décisions du Conseil fédéral visées à l’art. 33, let. a et b, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral49 est réservé.50