Après avoir entendu les cantons et les associations intéressées, le Conseil fédéral édicte les dispositions d’exécution.104
Il peut édicter des prescriptions sur la navigation découlant du droit international.
Il peut édicter des prescriptions particulières concernant la navigation militaire et la navigation civile de l’administration fédérale. Ces prescriptions peuvent notamment déroger à celles de la présente loi qui s’appliquent à l’admission des bateaux, à la formation et à l’admission des conducteurs ainsi qu’aux règles de route. Elles peuvent prévoir des mesures de circulation particulières.105
Le Département fédéral de l’environnement, des transports, de l’énergie et de la communication réglemente les émoluments perçus par les autorités fédérales.106