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Lorsqu’une affaire pénale relève à la fois de la compétence du Département fédéral des finances et de la juridiction fédérale ou cantonale, le Département fédéral des finances peut ordonner la jonction des procédures devant l’autorité de poursuite pénale déjà saisie de l’affaire, pour autant qu’il existe un rapport étroit entre les deux procédures, que l’affaire ne soit pas pendante auprès du tribunal appelé à juger et que la jonction ne retarde pas indûment la procédure pendante.
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La Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral tranche les contestations entre le Département fédéral des finances et le Ministère public de la Confédération ou les autorités cantonales.